Доктор Варун Малхотра получил базовое медицинское образование в Национальном медицинском колледже Топивалы и больнице BYL Nair в Мумбаи, а также степень магистра офтальмологии в медицинском колледже JJM в Даванагере, связанном с Университетом медицинских наук имени Раджива Ганди в Бангалоре, после чего прошел стажировку по хирургии роговицы, переднего сегмента и рефракционной хирургии в престижном университете Sankara Nethralaya в Ченнаи. Он закончил стипендию сэра Ратана Таты по микроразрезной хирургии катаракты в Sankara Nethralaya и был стипендиатом Zeiss-Ophthalmic Diagnostics в институте LV Prasad-Eye в Хайдарабаде. Он также прошел обучение у доктора Рупала Шахина по рефракционной хирургии, который является авторитетом в этой области. Предыдущий опыт Варуна включает работу в качестве консультанта в Институте глаз AnandEye, Хайдарабад, и консультанта в Институте глаз Pushpagiri, Секундерабад.